Pirmoji Lietuvos Raudonoji knyga išleista 1976 metais, į knygą buvo įrašyta 41 paukščių rūšis ir 30 augalų rūšių. Pirmoji nacionalinė Raudonoji knyga ne tik padėjo apsaugoti nuo sunaikinimo vertingas pelkes, upelius ir jų slėnius, pievas ir girias, bet ir paskatino tirti retąsias rūšis ir jų gyvenamąsias vietas. Todėl į kitą, išleistą 1992 metais, jau buvo įrašyta 501 gyvūnų, augalų, grybų ir kerpių rūšis.
Lietuvos raudonosios knygos komisija, vadovaujama Vilniaus universiteto Ekologijos instituto direktoriaus Mečislovo Žalakevičiaus 2003 metais sudarė naują sąrašą. Į jį įtraukta 815 saugomų rūšių, tarp jų – 23 žinduolių, 75 paukščių, 128 vabzdžių, 224 gaubtasėklių augalų, 199 grybų bei kerpių rūšys.
Nauja knygos redakcija pasipildė kategorijomis. Rūšys, kurios Lietuvoje yra išnykusios, priskirtos 0(Ex) kategorijai. Lietuvoje pagerėjus aplinkos kokybei, kai kurios rūšys pagausėjo, joms jau nebegresia išnykimas. Todėl šios rūšys priskirtos 5(Rs) kategorijai.
2007 metais birželio 19 dieną Botanikos institute Verkių rūmuose buvo pristatyta ką tik išleista Lietuvos trečioji „Raudonoji knyga“. Šį kapitalinį, beveik 800 puslapių iliustruotą Aplinkos ministerijos leidinį parengė 57 mokslininkai ir gamtininkai. Raudona knygos spalva tarsi perspėja apie retų ir nykstančių gyvūnų, augalų, kerpių bei grybų rūšių mūsų šalyje likimą.
Į šią knygą įrašytos 766rūšys. Tarp jų — 23 žinduolių, 80 paukščių, 123 vabzdžių, 220 žiedinių augalų, 93 samanų, 112 grybų, 63 kerpių ir kt.
