Pirmoji lietuvių mokykla buvo atidaryta Maskvoje 1992 metais rugsėjo 1 dieną Lietuvos ambasados patalpose. Mokyklos pirmoje ir antroje klasėse mokėsi 20 vaikų.
Jau po poros metų mokykla išgarsėjo visoje Rusijoje. Klasės negalėjo priimti visų atvykstančiųjų. Norėdami išspręsti šią problemą mokyklai buvo perduotas šalia stovintis vaikų darželio pastatas.
1994 metais mokyklą pradėjo finansuoti Maskvos miesto vyriausybė, ji pradėta vadinti Maskvos 1247-ąja vidurine mokykla "Šaltinėlis".
2005 metais pastatą pilnai nugriovus jo vietoje pagal originalų projektą pastatyta nauja mokykla, o lapkričio 15 dieną Maskvos mero Jurijaus Lužkovo potvarkiu jai suteiktas Jurgio Baltrušaičio vardas.
